تختلف قيمة الرسوم الدراسية في مؤسسات التعليم العالي بحسب الأقاليم،كما تحظى مؤسسات التعليم العالي البلجيكية بدعم الحكومة، ما يترتب عليه انخفاض الرسوم الدراسية المفروضة على الطلاب الدوليين، فبشكل عام لا تتجاوز هذه الرسوم خلال السنة الأكاديمية 4,175 يورو،ويستثنى من هذا القانون طلاب الدول الأقل نماء كالسودان واليمن، ولاتزيد الرسوم الدراسية الخاصة ببرامج الدكتوراه عن 835 يورو سنوياًّ.

لذا فإن الرسوم الدراسية المفروضة على الطلاب الدوليين تترواح بين 542-1,500 يورو سنويًّا، لذلك يجب أن يراجع الطالب موقع البرنامج الذي يريد دراسته والتأكد من قيمة الرسوم المخصصة له.

وبشكل خاص تنخفض الرسوم الدراسية في مؤسسات التعليم العالي في إقليم والونيا، فهي تتراوح بين 890-4,175 يورو سنويًّا، وتقل عن ذلك كثيرًا في مؤسسات التعليم العالي في المناطق الناطقة بالألمانية، فتكون بمعدل 425 يورو سنويًّا، وتتراوح بين 100-600 يورو سنويًّا، وفي الإقليم الفلامندي تُحسب الرسوم الدراسية بناءً على عدد الساعات الدراسية خلال السنة الأكاديمية التي تكون 60 ساعة كحد أقصى.